Jedną z form finansowania innowacji mogą być fundusze pożyczkowe. Te instytucje wymieniane są zazwyczaj w dalszej kolejności jako mniej prestiżowe, nie można jednak zapominać o możliwościach jakie zapewniają. Ponieważ są to instytucje nie nastawione na zysk środki pozyskane w ten sposób są mniejszym obciążeniem dla przedsiębiorcy.

Zazwyczaj fundusze wspierają rynek lokalny, nic dziwnego że są pozytywnie nastawione do inwestycji innowacyjnych, które często zapewniają ożywienie gospodarcze regionu. Źródła finansowania innowacji mają to do siebie, że zazwyczaj podlegają zwrotowi. Fundusze pożyczkowe to natomiast środki w formie preferencyjnych pożyczek. Mogą się o nie ubiegać małe i średnie firmy. Także osoby rozpoczynające działalność gospodarczą mogą pozyskać kapitał w ten sposób. Kapitał jaki można w ten sposób pozyskać jest dość spory i wynosi może kilkaset tysięcy złotych. Ze szczególnych względów możliwe jest uzyskanie czasowej karencji w spłacie zobowiązania. Tego rodzaju środki są preferencyjnie oprocentowane w stosunku do zwykłych kredytów bankowych.

Jeżeli chodzi o inwestowanie innowacji to kwoty jakie można w ten sposób uzyskać mogą okazać się niewystarczające, jednocześnie okres na jaki udzielane są środki i po którym trzeba rozpocząć spłatę również jest relatywnie krótki i w niektórych przypadkach może to być przeszkoda w skorzystaniu z tej formy. Również w tym przypadku stosowane są zabezpieczenia na wzór kredytów bankowych. Najczęściej są to poręczenia osób fizycznych, często może to być weksel in blanco albo też zastawy na rzeczach ruchomych.